Il sito archeologico di Coppa Nevigata, è posto pochi chilometri a sud-ovest del centro urbano di Manfredonia. Il sito coincide con l’area limitrofa all’antica foce del Candelaro, oggi Riserva Naturale Frattarolo. Coppa Nevigata non rappresenta un sito isolato, in quanto fa parte della comunità di villaggi che intorno al Candelaro, alla laguna un tempo presente e all’area prevalentemente pianeggiante si svilupparono e svolsero la loro vita. Una serie di datazioni pone le prime tracce di questi abitati fra il VII e il V millennio a. C. Il sito presenta infatti, come gli altri già indicati, una imponente stratificazione, che indica un insediamento prolungato, attraverso i millenni. In una fase iniziale del neolitico l’area era adibita alla raccolta intensiva di molluschi, come testimoniato dall’elevato numero di valve di Cardium con caratteristico intacco per l’estrazione dell’animale.

Gli scavi a Coppa Nevigata di questi ultimi anni hanno posto il sito in una prospettiva più ampia, rivelando l’esistenza dell’agricoltura (testimoniata da semi di grano e orzo). Il passaggio dal paleolitico, epoca nella quale l’uomo dovette dipendere dalla natura per provvedere al sostentamento, al Neolitico, epoca nella quale impara a modificare l’ambiente addomesticando piante e animali, avviene nella Daunia nel corso del VI millennio a.C. In questo periodo approdarono su queste coste genti che avevano appreso la nuova economia, già attiva da almeno due millenni in altre regioni del Mediterraneo. L’economia si basava sull’agricoltura, attestata dal rinvenimento di semi di varia specie (grano, orzo, avena, fava, pisello e lenticchia) e sull’allevamento (bovini, capro-ovini e suini).

La presenza di ossidiana, roccia inesistente nell’area e anche nelle regioni vicine, attesta la presenza di una corrente commerciale che, partendo dalle Isole Eolie, costeggiava la Calabria e la Puglia Ionica fino a raggiungere il Tavoliere. Il rinvenimento di statuine femminili è testimonianza dell’esistenza di un culto per una divinità femminile. Alcuni reperti mostrano una continuità di frequentazione estesa all’età dei metalli. A quest’epoca risalgono anche presenza di frammenti di ceramica di tipo miceneo. La vita nel sito è proseguita fino agli inizi dell’eta del Ferro (primi secoli del I millennio a. C.), ed è stato abbandonato in età storica.